Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Utara dibentuk seiring dengan berdirinya Provinsi Kalimantan Utara pada tahun 2012 sebagai provinsi termuda di Indonesia. Pembentukan provinsi ini diatur melalui Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2012 tentang Pembentukan Provinsi Kalimantan Utara, yang mencakup pemisahan wilayah dari Provinsi Kalimantan Timur. Seiring dengan kebutuhan administrasi pemerintahan, lembaga-lembaga dinas, termasuk Dinas Kesehatan, mulai dibentuk untuk menangani urusan pemerintahan di bidang kesehatan.
Peraturan Gubernur Kalimantan Utara Nomor 21 Tahun 2016 kemudian mengatur struktur organisasi dan tata kerja Dinas Kesehatan, menyesuaikan dengan kebijakan desentralisasi dan otonomi daerah. Dinas Kesehatan memiliki tanggung jawab untuk menyelenggarakan program kesehatan publik di wilayah provinsi yang luas dan beragam secara geografis, termasuk layanan kesehatan, pengendalian penyakit, kesehatan ibu dan anak, serta peningkatan mutu pelayanan di fasilitas kesehatan tingkat provinsi dan kabupaten.
Dengan wilayah Kalimantan Utara yang terdiri dari daerah pedalaman dan perbatasan, Dinas Kesehatan berperan krusial dalam menjamin akses layanan kesehatan bagi masyarakat, terutama di daerah yang sulit dijangkau. Dinas ini bekerja sama dengan berbagai pihak, termasuk rumah sakit, puskesmas, serta lembaga pusat dan internasional, guna meningkatkan pelayanan kesehatan dan mengatasi tantangan kesehatan masyarakat seperti stunting, gizi buruk, dan penyakit menular.
Hingga kini, Dinas Kesehatan Kalimantan Utara terus berupaya meningkatkan infrastruktur kesehatan dan memperkuat sumber daya manusia di bidang kesehatan guna memastikan pelayanan kesehatan yang berkualitas bagi seluruh masyarakat di Provinsi Kalimantan Utara.